Depuis plusieurs années, certaines chaires, pourvues ou non de laboratoires ou de centres de recherche, ont souhaité coordonner leurs activités scientifiques. Ainsi sont nés des Instituts, structures fédératives très souples et aisément modifiables, qui n'ont pas la rigidité de Départements mais visent à promouvoir des recherches communes, à mettre en commun du matériel, un secrétariat ou un service, à gérer des fonds documentaires ou des bibliothèques spécialisées, à mieux intégrer les personnels.
L'Institut de biologie regroupe les dix chaires de biologie implantées au Collège de France ou à l'extérieur. L'Institut d'études littéraires en regroupe quatre. Les Instituts d'Extrême-Orient et du Proche-Orient en regroupent six. L'Institut du Monde Contemporain regroupe également six chaires.