Bibliographie

Principaux ouvrages

Ayache N., Vision stéréoscopique et perception multisensorielle: application à la robotique mobile, Masson, 1989, 314 p.

Ayache N., Artificial Vision for Mobile Robots - Stereo-vision and Multisensor Perception, MIT-Press, 1991, 342 p.

Ayache N. (sous la direction de), Computer Vision, Virtual Reality and Robotics in Medicine, Springer, LNCS, vol. 905, 1995, 567 p.

Ayache N. et Delingette H. (sous la direction de), Surgery Simulation and Soft Tissue Modeling, Springer, LNCS, vol. 2673, 2003, 386 p.

Ayache N. (sous la direction de), Computational Models for the Human Body, Handbook of Numerical Analysis, Elsevier, 2004, 670 p.

Ayache N., Ourselin S. et Maeder A. (sous la direction de), Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Springer, LNCS, vol. 4791/92, 2007, 1978 p. 

Ayache N., Delingette H., et Sermesant M. (sous la direction de), Functional Imaging and Modeling of the Heart, Springer, LNCS, vol. 5528, 2009, 537 p.  

Paragios N., Duncan J. et Ayache N. (sous la direction de), Biomedical Image Analysis: Methodologies and Applications, Springer, 2012, 590 p.

Ayache N., Delingette H., Golland P. et Mori K. (sous la direction de), Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention, Springer, LNCS, vol. 7510, 7511 et 7512, 2012, resp. 746, 674 et 646 p.

Publications représentatives (sélection 2000-2012)

Cotin S., Delingette H., Ayache N., « A Hybrid Elastic Model Allowing Real-Time Cutting, Deformations and Force-Feedback for Surgery Training and Simulation », The Visual Computer, 16(8):437-452, 2000.

Roche A., Malandain G., Ayache N., « Unifying Maximum Likelihood Approaches in Medical Image Registration »,  Int. Journal of Imaging Systems and Technology, 11(1):71-80, 2000.

Ourselin S., Roche A., Subsol G., Pennec X. et Ayache N., « Reconstructing a 3D Structure from Serial Histological Sections », Image and Vision Computing, 19(1-2):25-31, 2001.

Picinbono G., Delingette H., Ayache N., « Non-Linear Anisotropic Elasticity for Real-Time Surgery Simulation », Graphical Models, 65(5):305-321, 2003.

Cachier P., Bardinet E., Dormont D., Pennec X. et Ayache N., « Iconic Feature Based Nonrigid Registration: The PASHA Algorithm », Comp. Vis. and Image Und., 89(2-3):272-298, 2003.

Pitiot A., Delingette H., Thompson P.M., Ayache N., « Expert Knowledge Guided Segmentation System for Brain MRI », NeuroImage, 23(suppl. 1):S85-S96, 2004.

Clatz O., Delingette H., Talos I.-F., Golby A.J., Kikinis R., Jolesz F., Ayache N. et Warfield S., « Robust Non-Rigid Registration to Capture Brain Shift from Intra-Operative MRI », IEEE Trans. Med. Imag., 24(11):1417-1427, 2005.

Pennec X., Fillard P. et Ayache N., « A Riemannian Framework for Tensor Computing »,  International Journal of Computer Vision, 66(1):41-66, 2006. 

Arsigny V., Fillard P., Pennec X., Ayache N., « Log-Euclidean Metrics for Fast and Simple Calculus on Diffusion Tensors », Magnetic Resonance in Medicine, 56(2):411-421, August 2006.

Sermesant M., Delingette H., Ayache N., « An Electromechanical Model of the Heart for Image Analysis and Simulation », IEEE Trans. Med. Imag., 25 (5), 612-625, 2006

Ayache N., Clatz O., Delingette H., Malandain G., Pennec X., Sermesant M., « Asclepios: a Research Project-Team at INRIA for the Analysis and Simulation of Biomedical Images », in Bertot Y., Huet G., Lévy J.J. et Plotkin G. (Eds), From Semantics to Computer Science: Essays in Honor of Gilles Kahn, Cambridge University Press, pp. 415-436., 2009.

Vercauteren T., Pennec X., Perchant A., Ayache N., « Diffeomorphic Demons: Efficient Non-parametric Image Registration », NeuroImage, 45(1, Suppl.1):S61-S72, 2009. 

Konukoglu E., Clatz O., Menze B., Weber M.A., Stieltjes B., Mandonnet E., Delingette H., Ayache N., « Image Guided Personalization of Reaction-Diffusion Type Tumor Growth Models Using Modified Anisotropic Eikonal Equations », IEEE Trans. Med.Imag.,29(1):77-95, 2010

Durrleman S., Fillard P., Pennec X., Trouvé A., Ayache N., « Registration, Atlas Estimation and Variability Analysis of White Matter Fiber Bundles Modeled as Currents », NeuroImage, 55(3):1073-1090, 2011.   

Ayache N., Delingette H. et Sermesant M., « Le cœur numérique personnalisé », Bulletin de l'Académie nationale de médecine, 195(8), 1855-1868, novembre 2011.

Mansi T., Pennec X., Sermesant M., Delingette H., Ayache N., « iLogDemons: A Demons-Based Registration Algorithm for Tracking Incompressible Elastic Biological Tissues », International Journal of Computer Vision, 92(1):92-111, 2011.

Geremia E., Clatz O., Menze B.H., Konukoglu E., Criminisi A., Ayache N., « Spatial Decision Forests for MS Lesion Segmentation in Multi-Channel Magnetic Resonance Images », NeuroImage, 57(2):378-90, juillet 2011.

Marchesseau S., Delingette H., Sermesant M., Ayache N., « Fast Parameter Calibration of a Cardiac Electromechanical Model from Medical Images Based on the Unscented Transform », Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2012.

Publications récentes (2013-2011)

Durrleman S., Pennec X., Trouvé A., Braga J., Gerig G. et Ayache N., « Toward a Comprehensive Framework for the Spatiotemporal Statistical Analysis of Longitudinal Shape Data », International Journal of Computer Vision, 103(1):22-59, mai 2013.

Komatsu Y., Cochet H., Jadidi A., Sacher F., Shah A., Derval N., Scherr D., Pascale P., Roten L., Denis A., Ramoul K., Miyazaki S., Daly M., Riffaud M., Sermesant M., Relan J., Ayache N., Kim S., Montaudon M., Laurent F., Hocini M., Haïssaguerre M. et Jaïs P., « Regional Myocardial Wall Thinning at Multidetector Computed Tomography Correlates to Arrhythmogenic Substrate in Postinfarction Ventricular Tachycardia: Assessment of Structural and Electrical Substrate », Circulation Arrhythmia and Electrophysiology, 6(2):342-350, 2013.

Lorenzi M., Ayache N., Frisoni G. et Pennec X., « LCC-Demons: a Robust and Accurate Symmetric Diffeomorphic Registration Algorithm », NeuroImage, 81(1):470-483, 2013.

Marchesseau S., Delingette H., Sermesant M., Cabrera-Lozoya R., Tobon-Gomez C., Moireau P., Figueras I Ventura R.M., Lekadir K., Hernandez A., Garreau M., Donal E., Leclercq C., Duckett S.G., Rhode K., Rinaldi C.A., Frangi A.F., Razavi R., Chapelle D. et Ayache N., « Personalization of a Cardiac Electromechanical Model Using Reduced Order Unscented Kalman Filtering from Regional Volumes », Medical Image Analysis, 17(7):816-829, mai 2013.

Marchesseau S., Delingette H., Sermesant M., Sorine M., Rhode K., S.G. Duckett S.G., Rinaldi C.A., Razavi R. et Ayache N., « Preliminary Specificity Study of the Bestel-Clément-Sorine Electromechanical Model of the Heart Using Parameter Calibration from Medical Images », Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials, 20:259-271, 2013.

Prakosa A., Sermesant M., Allain P., Villain N., Rinaldi C.A., Rhode K., Razavi R., Delingette H. et Ayache N., « Cardiac Electrophysiological Activation Pattern Estimation from Images Using a Patient-Specific Database of Synthetic Image Sequences », IEEE Trans. Biomed. Eng., 2013.

Prakosa A., Sermesant M., Delingette H., Marchesseau S., Saloux E., Allain P., Villain N. et Ayache N., « Generation of Synthetic but Visually Realistic Time Series of Cardiac Images Combining a Biophysical Model and Clinical Images », IEEE Trans. Med. Imag., 32(1):99-109, 2013.

Rekik I., Allassonnière S., Clatz O., Geremia E., Stretton E., Delingette H. et Ayache N., « Tumor Growth Parameters Estimation and Source Localization from a Unique Time Point: Application to Low-grade Gliomas », Computer Vision and Image Understanding, 117(3):238-249, 2013.  

Suinesiaputra A., Cowan B.R., Al-Agamy A.O., Alattar M.A., Ayache N., Fahmy A.S., Khalifa A.M., Medrano-Gracia P., Jolly M.P., Kadish A.H., Lee D.C., Margeta J., Warfield S.K. et Young A.A., « A Collaborative Resource to Build Consensus for Automated Left Ventricular Segmentation of Cardiac MR Images », Medical Image Analysis, 2013.

Tobon-Gomez C., Duchateau N., Sebastian R., Marchesseau S., Camara O., Donal E., De Craene M., Pashaei A., Relan J., Steghofer M., Lamata P., Delingette H., Duckett S., Garreau M., Hernandez A., Rhode K.S., Sermesant M., Ayache N., Leclercq C., Razavi R., Smith N.P. et Frangi A.F., « Understanding the Mechanisms Amenable to CRT Response: from Pre-Operative Multimodal Image Data to Patient-Specific Computational Models », Medical and Biological Engineering and Computing, pp. 1-16, 2013.

André B., Vercauteren T., Buchner A.M., Krishna M., Ayache N. et Wallace M.B., « Software for Automated Classification of Probe-Based Confocal Laser Endomicroscopy Videos of Colorectal Polyps », World J. of Gastroenterology, octobre 2012.

André B., Vercauteren T., Buchner A.M., Wallace M.B., et Ayache N., « Learning Semantic and Visual Similarity for Endomicroscopy Video Retrieval », IEEE Trans. Med. Imag., 31(6):1276-1288, juin 2012.

Cochet H., Komatsu Y., Sacher F., Jadidi A., Scherr D., Riffaud M., Derval N., Shah A., Roten L., Pascale P., Relan J., Sermesant M., Ayache N., Montaudon M., Laurent F., Hocini M., Haïssaguerre M. et Jaïs P., « Integration of Merged Delayed-Enhanced Magnetic Resonance Imaging and Multi-Detector Computed Tomography for the Guidance of Ventricular Tachycardia Ablation: A Pilot Study », Journal of Cardiovascular Electrophysiology, 2012.

Delingette H., Billet F., Wong K.C.L., Sermesant M., Rhode K., Ginks M., Rinaldi C.A., Razavi R. et Ayache N., « Personalization of Cardiac Motion and Contractility From Images Using Variational Data Assimilation, IEEE Trans. Biomed. Eng., 59(1):20 -24, janvier 2012.

Durrleman S., Pennec X., Trouvé A., Ayache N. et Braga J., « Comparison of the Endocranial Ontogenies between Chimpanzees and Bonobos via Temporal Regression and Spatiotemporal Registration », Journal of Human Evolution, 62(1):74 - 88, 2012.

Leonardi B., Taylor A., Mansi T., Voigt I., Sermesant M., Pennec X., Ayache N., Boudjemline Y. et Pongiglione G., « Computational Modeling of the Right Ventricle in Repaired Tetralogy of Fallot: Can it Provide Insight Into Patient Treatment? », European Heart Journal - Cardiovascular Imaging, 2012.

Lombaert H., Peyrat J.M., Croisille P., Rapacchi S., Fanton L., Cheriet F., Clarysse P., Magnin I., Delingette H. et Ayache N., « Human Atlas of the Cardiac Fiber Architecture: Study on a Healthy Population », IEEE Trans. Med. Imag., 31(7):1436-1447, 2012.

Marchesseau S., Delingette H., Sermesant M. et Ayache N., « Fast Parameter Calibration of a Cardiac Electromechanical Model from Medical Images Based on the Unscented Transform », Biomechanics and Modeling in Mechanobiology, 2012.

Pop M., Sermesant M., Liu G., Relan J., Mansi T., Soong A., Peyrat J.M., Truong M.V., Fefer P., McVeigh E.R., Delingette H., Dick A.J., Ayache N. et Wright G.A., « Construction of 3D MR Image-Based Computer Models of Pathologic Hearts, Augmented with Histology and Optical Fluorescence Imaging to Characterize Action Potential Propagation », Medical Image Analysis, 16(2):505-523, 2012.

Sermesant M., Chabiniok R., Chinchapatnam P., Mansi T., Billet F., Moireau P., Peyrat J.M., Wong K.C.L., Relan J., Rhode K., Ginks M., Lambiase P., Delingette H., Sorine M., Rinaldi C.A., Chapelle D., Razavi R., Ayache N., « Patient-Specific Electromechanical Models of the Heart for the Prediction of Pacing Acute Effects in CRT: A Preliminary Clinical Validation », Medical Image Analysis, 16(1):201-215, 2012.

André B., Vercauteren T., Buchner A.M., Wallace M.B. et Ayache N., « A Smart Atlas for Endomicroscopy Using Automated Video Retrieval », Medical Image Analysis, 15(4):460-476, août 2011.

Ayache N., Clatz O., Delingette H., Malandain G., Pennec X. et Sermesant M., « Vers un patient numérique personnalisé pour le diagnostic et la thérapie guidés par l'image », Médecine / Sciences, 27:208-213, mars 2011.

Ayache N., Delingette H. et Sermesant M., « Le cœur numérique personnalisé », Bulletin de l'Académie nationale de médecine, 195(8), pp.1855-1868, novembre 2011.

O. Camara O., M. Sermesant M., P. Lamata P., L. Wang L., M. Pop M., J. Relan J., M. De Craene M., H. Delingette H., H. Liu H., S. Niederer S., A. Pashaei A., G. Plank G., D. Romero D., R. Sebastian R., K.C.L. Wong K.C.L., H. Zhang H., N. Ayache N., A.F. Frangi A.F., P. Shi P., N.P. Smith N.P. et G.A. Wright G.A., « Inter-Model Consistency and Complementarity: Learning from Ex-Vivo Imaging and Electrophysiological Data Towards an Integrated Understanding of Cardiac Physiology », Progress in Biophysics and Molecular Biology, 107:122-133, 2011.

Delingette H., Billet F., Wong K.C.L., Sermesant M., Rhode K., Ginks M., Rinaldi C.A., Razavi R. et Ayache N., « Personalization of Cardiac Motion and Contractility from Images Using Variational Data Assimilation », IEEE Trans. Biomed. Eng., 2011.

Durrleman S., Fillard P., Pennec X., Trouvé A. et Ayache N., « Registration, Atlas Estimation and Variability Analysis of White Matter Fiber Bundles Modeled as Currents », NeuroImage, 55(3):1073-1090, 2011.

Geremia E., Clatz O., Menze B.H., Konukoglu E., Criminisi A. et Ayache N., « Spatial Decision Forests for MS Lesion Segmentation in Multi-Channel Magnetic Resonance Images », NeuroImage, 57(2):378-90, juillet 2011.

Konukoglu E., Relan J., Cilingir U., Menze B., Chinchapatnam P., Jadidi A., Cochet H., Hocini M., Delingette H., Jaïs P., Haïssaguerre M., Ayache N. et Sermesant M., « Efficient Probabilistic Model Personalization Integrating Uncertainty on Data and Parameters: Application to Eikonal-Diffusion Models in Cardiac Electrophysiology », Progress in Biophysics and Molecular Biology, 107(1):134-146, octobre 2011.

Mansi T., Pennec X., Sermesant M., Delingette H. et Ayache N., « iLogDemons: A Demons-Based Registration Algorithm for Tracking Incompressible Elastic Biological Tissues », International Journal of Computer Vision, 92(1):92-111, 2011.

Mansi T., Voigt I., Leonardi B., Pennec X., Durrleman S., Sermesant M., Delingette H., Taylor A.M., Boudjemline Y., Pongiglione G. et Ayache N., « A Statistical Model for Quantification and Prediction of Cardiac Remodelling: Application to Tetralogy of Fallot », IEEE Trans. Med. Imag., 9(30):1605-1616, septembre 2011.

Pernod E., Sermesant M., Konukoglu E., Relan J., Delingette H. et Ayache N., « A Multi-Front Eikonal Model of Cardiac Electrophysiology for Interactive Simulation of Radio-Frequency Ablation », Computers and Graphics, 35:431-440, 2011.

Pohl K.M., Konukoglu E., Novellas S., Ayache N., Fedorov A., Talos I.F., Golby A., Wells W.M., Kikinis R. et Black P.M., « A New Metric for Detecting Change in Slowly Evolving Brain Tumors: Validation in Meningioma Patients », Neurosurgery, 68(1 Suppl. Operative):225-33, mars 2011.

Pop M., Sermesant M., Mansi T., Crystal E.,  Ghate S., Peyrat J., Lashevsky I., Qiang B., McVeigh E., Ayache N. et Wright G.A., « Correspondence between Simple 3-D MRI-Based Computer Models and In-Vivo EP Measurements in Swine with Chronic Infarctions », IEEE Trans. Biomed. Eng., 58(12):3483-3486, décembre 2011.

Relan J., Chinchapatnam P., Sermesant M., Rhode K., Ginks M., Delingette H., Rinaldi C.A., Razavi R. et Ayache N., « Coupled Personalization of Cardiac Electrophysiology Models for Prediction of Ischaemic Ventricular Tachycardia », Journal of the Royal Society Interface Focus, 1(3):396-407, 2011. 

Relan J., Pop M., Delingette H., Wright G., Ayache N., et Sermesant M., « Personalization of a Cardiac Electrophysiology Model Using Optical Mapping and MRI for Prediction of Changes with Pacing », IEEE Trans. Biomed. Eng., 58(12):3339-3349, 2011.

Smith N., de Vecchi A., McCormick M., Nordsletten D., Camara O., Frangi A.F., Delingette H., Sermesant M., Relan J., Ayache N., Krueger M.W., Schulze W., Hose R., Valverde I., Beerbaum P., Staicu C., Siebes M., Spaan J., Hunter P., Weese J., Lehmann H., Chapelle D. et Razavi R., « euHeart: Personalized and Integrated Cardiac Care Using Patient-Specific Cardiovascular Modelling », Journal of the Royal Society Interface Focus, 1(3):349-364, ISSN: 2042-8898, 2011.

Menze B.H., Stretton E., Konukoglu E. et Ayache N., « Image-Based Modeling of Tumor Growth in Patients with Glioma », in Garbe C.S., Rannacher R., Platt U. et Wagner T. (Eds), Optimal Control in Image Processing, Springer, Heidelberg/Germany, 2011.