Amphithéâtre Maurice Halbwachs, Site Marcelin Berthelot
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La vision classique « un pathogène-une maladie » (postulats de Koch) ne recouvre pas l’ensemble des maladies liées à un conflit hôte-microbes. Elle en est un sous-ensemble. Il faut adopter une vision plus large dans laquelle des anomalies de l’hôte (génétiques ou environnementales) amènent à la constitution d’une flore déséquilibrée pathogène, ou à une rupture de la tolérance au microbiote causant en retour ce déséquilibre (effet de l’inflammation et d’autres facteurs). De telles flores peuvent donner lieu à des pathologies de nature variable, locales ou systémiques : maladies allergiques, MICI voire cancer, obésité, et probablement d’autres…

Dans ce contexte, on remplace la notion de pathogène unique par celle de communauté de microorganismes représentant collectivement une entité pathogène : c’est la dysbiose.

La dysbiose (intestinale) est l’altération soutenue de l’équilibre normal du microbiote intestinal. Deux possibilités schématiques : « état stable alternatif » a priori sans conséquence pathologique et « état pathologique » caractérisant un microbiote pathogène.