Amphithéâtre Marguerite de Navarre, Site Marcelin Berthelot
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Dans un premier temps, les découvertes assyriologiques avaient semblé enraciner fermement la Bible dans l'histoire : des villes qu'on y trouve mentionnées comme Babylone, Ninive, Uruk et Ur avaient bien existé et leur fouille livrait des informations textuelles très importantes. L'existence de ziggourats permettait de mieux comprendre l'histoire de la tour de Babel. Des rois mentionnés dans la Bible comme Sennacherib ou Nabuchodonosor pouvaient être connus par leurs propres inscriptions ; inversement, des écrits de rois assyriens mentionnaient des rois connus par la Bible. Mais la situation ne tarda pas à évoluer.

Le 3 décembre 1872, devant la Société d'archéologie biblique de Londres, un assistant du British Museum de trente-deux ans nommé George Smith rapporta la découverte, parmi les tablettes de la bibliothèque d'Assurbanipal à Ninive, d'une version « chaldéenne » (on dirait aujourd'hui babylonienne) de l'histoire biblique du déluge. On a peine à imaginer aujourd'hui à quel point cette annonce fit sensation, bien au-delà de l'Angleterre. La polémique sur le statut de la Bible, et en particulier du Pentateuque, se développa. Les positions des biblistes furent variées, allant des « libéraux » qui admirent la dépendance de la Bible à l'égard des textes mésopotamiens tout en soulignant le caractère unique et original de son message, aux « conservateurs » qui ne voulaient rien entendre.