Dans son enseignement au Collège de France, Jean Guilaine a traité de divers problèmes généraux concernant les sociétés de la protohistoire (du Néolithique à l’âge du fer) en les éclairant par la diversité des exemples et par la documentation de ses propres recherches. Les thèmes traités ont été : l’historiographie du Néolithique, les représentations humaines et le genre, symboles et sociétés de la Préhistoire récente, l’hypogeïsme méditerranéen, la protohistoire ancienne de la Méditerranée : îles et continents. Les séminaires ont permis des mises au point sur les derniers développements de la recherche touchant aux berceaux mondiaux de l’agriculture, à l’émergence des mégalithismes, à l’usage de certains matériaux dans le codage symbolique et le fonctionnement social, aux processus de chalcolithisation, aux impacts humains sur l’environnement, aux rites funéraires comme témoins de la hiérarchisation sociale. Ces séminaires ont fait l’objet de onze ouvrages publiés par les éditions Errance.

Les analyses théoriques de Jean Guilaine ont porté sur divers sujets : le concept d’arythmie dans la diffusion du Néolithique européen, la nécessité d’une archéologie environnementale et les processus d’anthropisation, la violence et la guerre préhistoriques, la diversité des mégalithismes et hypogéïsmes, le phénomène campaniforme, l’iconographie néolithique et le genre, les rythmes de l’histoire méditerranéenne sur le temps long, les thésaurisations métalliques et les réseaux ouest-méditerranéens à l’âge du fer. Plusieurs de ces thèmes ont été synthétisés dans divers ouvrages.

Homme de terrain, Jean Guilaine a dirigé ou codirigé des chantiers de fouilles à Chypre, Grèce, Italie du Sud, France méridionale, Andorre, Espagne. Ces interventions ont donné lieu à la publication de monographies pluridisciplinaires qui constituent autant d’études de cas éclairant la protohistoire de la Méditerranée du X^e au I^er millénaire avant notre ère.