Né le 4 août 1927 à Lyon, Jean Yoyotte entreprend dès l’âge de 14 ans son apprentissage de l’égyptologie à l’École du Louvre, puis à l’École pratique des hautes études (EPHE). En 1943-1944, il participe à l’enregistrement de fiches de fouilles pour la mission du Pr Pierre Montet sur le site de Tanis à l’est du Delta égyptien, avec un autre jeune passionné, Serge Sauneron, futur directeur de l’Institut français d’archéologie orientale (Ifao) au Caire. En 1948, il entre au CNRS comme stagiaire et rejoint l’équipe du Pr Montet au Cabinet d’égyptologie (actuelle bibliothèque d’égyptologie) du Collège de France. Après l’obtention de son diplôme des études supérieures en histoire à l’EPHE, il est nommé membre scientifique à l’Ifao de 1952 à 1957. Entre 1957 et 1964, il réintègre le CNRS en tant que chargé, puis maître de recherche. En 1964, il est élu directeur d’études à la chaire Religion de l’Égypte ancienne (V^e section des sciences religieuses) de l’EPHE où il dispense, pendant près de trente ans, un enseignement égyptologique dense et varié. Dès 1964, il fonde également la Mission française des fouilles de Tanis (MFFT) dont il dirige les campagnes de fouilles jusqu’en 1985. Le 5 octobre 1991, Jean Yoyotte est nommé professeur du Collège de France. Jusqu’en 1997, date de sa retraite, il y occupe la chaire Égyptologie, en succédant au Pr Jean Leclant, avec un programme axé sur l’Égypte tardive.

En une soixantaine d’années vouées à la recherche et à l’enseignement égyptologiques, avec près de trois cents contributions, Jean Yoyotte a mis en lumière divers pans ignorés ou peu connus de l’histoire et de la religion de l’Égypte ancienne. Historien et philologue de curiosités multiples, ses travaux portent sur différents champs de l’égyptologie, allant de la toponymie, la prosopographie et l’anthroponymie aux institutions, à l’idéologie royale et aux conceptions religieuses. Les thèmes principaux de ses recherches restent toutefois la « géographie religieuse » et l’histoire de l’Égypte au premier millénaire av. J.-C., plus particulièrement à la Troisième Période intermédiaire (1069-664 av. J.-C.). Parmi ses nombreuses publications dans ces domaines figurent notamment ses articles fondateurs, « Études géographiques » (vols. 13-15 de la Revue d’égyptologie, 1961-1963), « Les principautés du Delta au temps de l’anarchie libyenne. Étude d’histoire politique » (Mélanges Maspero I/4, 1961) et « Processions géographiques mentionnant le Fayoum et ses localités » (Bulletin de l’Ifao 61, 1962). Les relations extérieures de l’Égypte et ses contacts avec les autres cultures, grecque, perse et africaine notamment, sont également au cœur de ses intérêts.

Sur le terrain, les travaux de Jean Yoyotte à la tête du chantier de Tanis (1964-1985) ont renouvelé considérablement les problématiques historiques et archéologiques de ce site majeur de l’Égypte du premier millénaire avant notre ère. Les résultats de ses recherches tanites et sa connaissance élargie du matériel du site le conduisent à codiriger la célèbre exposition Tanis. L’Or des pharaons présentée en 1987 à Paris, au Grand Palais.

Outre son apport scientifique considérable à la discipline, Jean Yoyotte a également joué un rôle essentiel dans la valorisation et la mise à disposition des fonds documentaires égyptologiques. À partir de 1964, il réorganise et développe le Centre de documentation égyptologique de l’EPHE, devenu Centre Wladimir Golenischeff qui inclut aujourd’hui ses archives scientifiques (accessibles à l’Humathèque Condorcet et en partie en ligne sur la bibliothèque numérique de PSL). Au Collège de France, son empreinte est également omniprésente dans les fonds de la bibliothèque et des archives d’égyptologie à travers ses diverses contributions à l’inventaire et au classement des collections.

Jean Yoyotte disparaît le 1^er juillet 2009, peu avant son 82^e anniversaire.