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Anny Cazenave mène sa carrière de chercheur à Toulouse au sein du Groupe de Recherches en Géodésie Spatiale puis au Laboratoire d'Études en Géophysique et Océanographie Spatiales. Elle contribue au développement de la géodésie spatiale en France et à ses applications à l'étude de la planète. Vers 1995, ses recherches s'orientent vers l'océanographie spatiale, notamment la hausse du niveau de la mer en lien avec le réchauffement des océans et la fonte des glaces continentales. Elle contribue aussi depuis une dizaine d'années au développement d'une nouvelle discipline : l'hydrologie spatiale. Elle est impliquée dans de nombreux projets de recherche nationaux et internationaux, et participe aux travaux du GIEC. Elle est membre de l'Académie des sciences.

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