François-Xavier Fauvelle est né en 1968. Après des DEA de philosophie puis d'histoire, il soutient en 1999 à l'université de Paris-I-Panthéon-Sorbonne, sous la direction de Jean Boulègue, une thèse de doctorat en histoire de l'Afrique. Il assure des charges d'enseignement en histoire à Paris-I avant d'être recruté en 2002 par le CNRS et affecté à l'Institut d'études africaines d'Aix-en-Provence. Il a effectué, au cours de sa carrière, plusieurs longs séjours à l'étranger : aux États-Unis en 1996-1997 (comme Scholar Affiliate à l'université d'Iowa), en Éthiopie en 2000-2001 (comme chercheur postdoctorant au Centre français des études éthiopiennes à Addis-Abeba), en Afrique du Sud en 2005-2006 (comme chercheur CNRS auprès de l'Institut français d'Afrique du Sud à Johannesburg), à nouveau en Éthiopie en 2006-2009 (comme directeur du Centre français des études éthiopiennes), aux États-Unis comme Visiting Professor à l'université de Princeton en 2020, en Israël en 2023-2026 (comme directeur du Centre de recherches français à Jérusalem). De 2013 à 2017, il a dirigé le Laboratoire TRACES à l'université de Toulouse-II-Jean-Jaurès, où il a accueilli en 2016, comme président du comité organisateur, le 23e Congrès mondial de la Society of Africanist Archaeologists. François-Xavier Fauvelle est élu professeur du Collège de France en 2019. En 2027, il donnera les Lawrence Stone Lectures à Princeton University, aux États-Unis.
