Le Collège de France est dirigé par un administrateur, professeur élu par ses pairs au sein de l’assemblée du Collège de France, qui détermine la politique de l’établissement.
Il est organisé en chaires. Les chaires et les équipes de recherche associées au Collège de France peuvent être regroupées en institut dans les conditions fixées par le règlement intérieur de l’établissement.
Le Collège de France abrite des laboratoires, dont il partage la tutelle avec des organismes des recherche et des établissements d'enseignement supérieur et de recherche, ainsi que des bibliothèques consacrées à ses collections patrimoniales et de recherche.