Épidémiologie évolutive des bactéries commensales (Starting grant ERC)

15 septembre 2020

François Blanquart est le lauréat d’une Starting grant du Conseil européen de la recherche (ERC). Le projet EvoComBac - The Evolutionary epidemiology of Commensal Bacteria: the case of Escherichia coli from 1980 to 2025 reçoit un financement pour cinq ans.

François Blanquart. ©François Blanquart

François Blanquart est chargé de recherche au CNRS depuis 2017. Il exerce au sein de l’équipe accueillie « Stochastic Models for the Inference of Life Evolution » au CIRB, le Centre interdisciplinaire de recherche en biologie du Collège de France ainsi que dans l’équipe « Quantitative Evolutionary Microbiology » au sein de l’unité Infection, antimicrobiens, modélisation, évolution à l’UMR de médecine de l’hôpital Bichat.

Trois questions à François Blanquart

Pouvez-vous revenir en quelques mots sur votre parcours scientifique ?

J’essaye de comprendre comment les populations s’adaptent à des environnements changeants. Pendant ma thèse (CNRS, Sylvain Gandon) et un premier postdoctorat (université d’Aarhus, Thomas Bataillon), j’ai développé un travail théorique pour comprendre ces dynamiques. Lors d’un deuxième postdoc (Imperial College London, Christophe Fraser), j’ai décidé de me focaliser sur les pathogènes humains. Les pathogènes doivent s’adapter aux conditions changeantes au sein de l’hôte (système immunitaire, traitements) et également à une diversité d’hôtes. Je travaille en particulier sur l’évolution du VIH et des résistances aux antibiotiques chez les bactéries, en analysant des données génomiques et épidémiologiques à la lumière de modèles mathématiques. Je poursuis ce travail depuis mon recrutement au CNRS.

Que représente pour vous l’attribution d’une Starting grant du Conseil européen de la recherche ? Pouvez-vous présenter le projet de recherche qui a été retenu ?

C’est une reconnaissance pour le projet scientifique que j’ai développé depuis quelques années avec mes collaborateurs. Ce financement me permettra de collecter des données pour mieux comprendre l’évolution à court terme de la bactérie commensale Escherichia coli. Cette bactérie vit dans l’intestin, elle est la plupart du temps inoffensive mais cause parfois des infections (infections urinaires, bactériémies). Le but du projet est de comprendre les nombreux changements évolutifs qui ont eu lieu dans cette espèce depuis les années 1980, en particulier l’augmentation de plusieurs résistances aux antibiotiques.

Quels sont les principaux enjeux de la recherche dans votre domaine, les principaux défis de la ou des disciplines concernées ?

Très subjectivement, une question importante est de comprendre comment l’environnement détermine la valeur sélective (ou fitness). Dans le cadre de mon projet par exemple, qu’est-ce qui fait qu’une bactérie est une « bonne » bactérie commensale, c’est-à-dire qui laisse de nombreux descendants ? Ce n’est pas évident, car l’environnement qu’habitent ces bactéries est complexe (hôtes variés, conditions changeantes, etc.). Une deuxième question importante : comment peut-on détecter l’adaptation d’une population à partir de génomes ? Peut-on identifier des mutations sélectionnées ? Ce travail est rendu difficile par le fait que les génomes présentent de nombreuses mutations liées entre elles.