Isabelle Ratié a étudié la philosophie occidentale à l'université Panthéon-Sorbonne (elle est titulaire d'un DEA en histoire de la philosophie grecque et d’une agrégation de philosophie) avant de se tourner vers l'étude des sources sanskrites à la Sorbonne Nouvelle puis à l'École pratique des hautes études, où elle a obtenu un DEA, un doctorat ainsi qu’une HDR. Elle a effectué divers séjours de recherche en Inde ainsi qu'à l'université d'Oxford, et a travaillé de 2010 à 2014 comme chargée de recherche à l'université de Leipzig, puis à l'Académie des sciences d'Autriche (Vienne). Devenue professeur à la Sorbonne Nouvelle en 2014 (chaire de langue et de littératures sanskrites) et membre senior de l'Institut universitaire de France depuis 2021, elle a été élue professeur du Collège de France en 2025.
Ses recherches portent sur l'histoire de la philosophie indienne comme terrain de luttes et d’échanges entre représentants de courants religieux rivaux. Elle s'intéresse en particulier aux systèmes philosophiques śivaïtes et bouddhiques, auxquels elle a consacré plusieurs ouvrages. Ses travaux, qui ont une importante dimension philologique, comportent notamment la production d'éditions critiques et l'étude d'œuvres fragmentaires, et ont aussi trait à la culture matérielle des manuscrits sanskrits.