Résumé
Comment les communautés microbiennes structurent-elles les sols, les océans et les chaînes trophiques ? Les méthodes actuelles permettent d’en décrire la diversité et l’abondance, et d’établir des réseaux d’associations. Elles peinent cependant à déterminer les mécanismes et les fonctions qui relient ces micro-organismes aux écosystèmes. Les sols illustrent cette complexité : bactéries, archées, champignons, protistes, animaux et racines de plantes y forment des communautés extrêmement diverses, dont les interactions contribuent au fonctionnement et à la stabilité de l’ensemble. Pourtant, nos approches expérimentales restent souvent réductionnistes et limitées à des interactions entre deux partenaires. Le défi consiste désormais à ne plus seulement déterminer qui est là, mais qui est avec qui, comment, et pour quelle fonction. Vaste programme !
